زندان قدیمی قرار است به‌زودی تخریب شود و همه زندانیان به زندان جدید منتقل شده‌اند، اما سرگرد نعمت جاهد هنوز در زندان خالی مانده است و عجله‌ای برای رفتن ندارد. او تمام عمرش را به عنوان زندانبان در این زندان گذرانده است و می‌داند که باقی‌مانده زندگی‌اش را نیز در زندانی دیگر باید به سر ببرد. در تمام این سال‌ها زندانیان بسیاری آزاد شده‌اند و از آن درِ همیشه بسته بیرون رفته‌اند، ولی سرگرد جاهد گویی به حبس ابد محکوم است و همواره باید پشت میله‌های پنجره‌اش بایستد و آزادی دیگران را ببیند و هرگز نتواند آن‌جا را ترک کند. او فرق زیادی با زندانیان دیگر ندارد، فقط به لباس نظامی‌اش چند مدال آویخته شده است و سلولی که در آن می‌ماند، کمی بزرگ‌تر از سلول‌های زندانیان دیگر است و از این رو زندان قدیم و جدید برایش تفاوتی ندارد. در واپسین روز حضورش در این زندان است که با ترفیع درجه‌اش به رئیس شهربانی، راه تازه‌ای به سوی رهایی از اسارتش به رویش گشوده می‌شود و انگار حکم آزادی‌اش به دستش می‌رسد تا برای همیشه آن زندان و زندانیان را پشت سر بگذارد و به زندگی عادی بازگردد. آن‌جا که بیرون رفتن زن مورد علاقه‌اش از زندان را با آهنگ محبوبش بدرقه می‌کند، گویی به دنبال راه گریزی از میان دیوارهایی است که او را محصور کرده‌اند و امید دارد که با عشق، هوای تازه‌ای به دنیای گرفته و دل‌گیرش راه بیابد. اگر دیگران به خاطر جرم کرده یا ناکرده‌شان به زندان افتاده‌اند و دارند مجازات می‌شوند، سرگرد جاهد به خاطر شغلش در حال تاوان پس دادن است و گویی بزرگ‌ترین گناهی که باید به خاطرش محبوس بماند، این است که تصمیم گرفته و انتخاب کرده که گناه‌کاران را در جهنم به سزای اعمالشان برساند و حالا خود در همان دوزخ نفرین‌شده گرفتار شده است.
درست در همان لحظه که خبر نجات خود از آن مغاک هولناک را می‌شنود و رویای آزادی‌اش را در خلوت خویش جشن می‌گیرد، خبر گم شدن یکی از زندانیان را به او می‌دهند و معلوم می‌شود زندانی فراری هنوز در همان زندان پنهان شده است و سرگرد جاهد باید در آن‌جا بماند تا او را پیدا کند و کابوس دیرینه‌اش که در آستانه تمام شدن بود، دوباره تداوم می‌یابد و در مخمصه‌ای گریزناپذیر باقی می‌ماند. از این‌جا به بعد است که شخصیت در مسیر شناخت خویش گام برمی‌دارد و به خود به چشم یک زندانی می‌نگرد و دچار چالش جدی و عمیقی با شغل و وظیفه‌اش می‌شود. یعنی زمانی که قرار است این حرفه عذاب‌آور را کنار بگذارد و از آن برای همیشه خلاص شود، در موقعیت پیچیده‌ای قرار می‌گیرد که درباره جایگاه خود به عنوان یک زندانبان و مجری قانون به ورطه شک و تردید و تزلزل فرو می‌افتد و مجبور می‌شود در لحظه رفتن، به عقب برگردد و پشت سرش را ببیند و گذشته را مرور کند و به خودش حساب پس بدهد که در طول مسیری که گذرانده، چقدر درست عمل کرده و تا چه اندازه به خطا رفته است. از این رو آن چند ساعت پایانی حضورش در زندان به عرصه محاکاتی برای او بدل می‌شود تا ببیند در محکمه وجدان خویش می‌تواند از خود و عملکردش دفاع کند و حکم آزادی‌اش را بگیرد، یا گناه‌کار شناخته می‌شود و باید تقاص پس بدهد. در همان آغاز که سرگرد جاهد می‌فهمد زندانی فراری هنوز داخل زندان است، کنار میز وسط اتاقش می‌رود و به ماکت ساختمان زندان نگاه می‌کند و دوربین به جای او در فضای داخلی ماکت حرکت می‌کند و این حس پیش‌گویانه را به وجود می‌آورد که او برای همیشه در آن‌جا سرگردان خواهد ماند و در لابیرنت تودرتوی زندانی که فکر می‌کند گوشه و کنار آن را می‌شناسد و بر همه جای آن کنترل دارد، حبس می‌شود. سرگرد پشت پنجره می‌رود و با بلندگویی که صدایش در همه جای زندان پخش می‌شود، با زندانی فراری حرف می‌زند و می‌گوید: «هیچ راه خروجی نداری.» سپس بخش‌های مختلف زندان خالی را می‌بینیم که در آن هیچ کسی نیست و انگار انعکاس صدای سرگرد به سوی خودش بازمی‌گردد و او را خطاب قرار می‌دهد و آن که واقعاً در میان آن دیوارها زندانی شده است و دیگر نمی‌تواند از آن‌جا خارج شود، کسی جز خود سرگرد جاهد نیست.
فیلم هوشمندانه زندانی فراری را نشان نمی‌دهد و ما هرگز او را نمی‌بینیم و او با نام خاص «احمد سرخ‌پوست» و رفتار تودار و ارتباطش با قورباغه و نقشه فرار عجیبش، شخصیت مرموز و اسرارآمیزی پیدا می‌کند که دسترسی‌ناپذیر و نایافتنی به نظر می‌رسد. وقتی سرگرد شروع به جست‌وجوی او می‌کند و رد به‌جامانده از بدن واکسی‌شده او را در جاهای مختلف می‌گیرد، خود را در مواجهه با مرد نامرئی می‌بیند که همه جا هست و هیچ جا نیست. همان‌طور که یکی از هم‌بندی‌هایش به سرگرد جاهد می‌گوید: «دیگر دستت به او نمی‌رسد، او دود شده و به هوا رفته است.» و بعدها که فقط یک بار در آستانه در زندان ظاهر می‌شود و ما او را از دریچه دوربین سرگرد از راه دور می‌بینیم، شبح سیاهی پیش چشمانمان ظاهر می‌شود که قبل از این‌که او را رویت کنیم، دوباره محو و ناپدید می‌شود. فیلم از دل غیاب زندانی فراری است که موفق می‌شود جابه‌جایی میان زندانی و زندانبان را امکان‌پذیر کند و سرگرد جاهد را به جایگزینی برای زندانی گریخته بدل سازد که گویی تا ابد باید در هزارتوی آن جهنم مخوف گرفتار بماند. در واقع همان زندانی که سرگرد به کنترل و نظارت بر آن به خود می‌بالد، حالا به قلمروی ناشناخته و رازآمیزی برایش تبدیل می‌شود که دیگر بر آن تسلطی ندارد و به گم‌شده‌ای در آن می‌ماند که برای همیشه راه خروج را گم کرده است و بیش از آن‌که احمد سرخ‌پوست را بجوید، دنبال خودش می‌گردد.
وقتی زن و بچه احمد سرخ‌پوست به زندان می‌آیند تا از او خبری بگیرند، سرگرد در دست دختربچه مجسمه کوچکی را می‌بیند که فکر می‌کند احمد سرخ‌پوست به دخترش داده است و دختربچه را از مادرش جدا می‌کند و با خود به سلولی می‌برد و با خشونت از او می‌پرسد که پدرش را کجا دیده است. همان لحظه مأموری از راه می‌رسد و می‌گوید او مجسمه را به دخترک داده است و سرگرد پیش رویش بچه معصوم و بی‌گناهی را مشاهده می‌کند که از ترس و وحشت، خودش را خیس کرده است و یک‌دفعه همه ابهت و قاطعیت و اقتدار سرگرد فرو می‌ریزد و او احساس ضعف و ناتوانی می‌کند و از جایگاهی که در آن ایستاده است، می‌هراسد و در خود توان تشخیص درستی از نادرستی و قضاوت درباره گناه‌کاری و بی‌گناهی را نمی‌بیند. همان‌جاست که از روی استیصال و درماندگی در سلول می‌نشیند و به دیوار تکیه می‌دهد و یک‌دفعه نگاهش به نقاشی روی دیوار می‌افتد که یکی از زندانیان، او را به صورت مردی آویخته از چوبه دار کشیده است. همان لحظه باد می‌آید و در بسته می‌شود و سرگرد در سلول زندانی می‌شود و دوربین عقب می‌کشد و در طول راهروی طویل زندان از سلول دور می‌شود و سرگرد جاهد را که به در می‌کوبد و کمک می‌خواهد، همچون یکی از همان زندانیان بی‌گناهی نشان می‌دهد که به اشتباه در زندان محبوس شده‌اند و از طریق این مازادسازی تصویری در روایت است که سرگرد جاهد فرصت می‌یابد خود را به جای احمد سرخ‌پوست فرض کند که مجبور است به حکم مرگ جبری خویش تن بدهد. در واقع فیلم می‌کوشد در طول جست‌وجوی سرگرد برای یافتن زندانی گم‌شده، سلسله مراتب میان زندانبان و زندانی را فرو بپاشد و صدای غالب و برتر را در برابر صدای خاموش به بازی بگیرد و قدرت آشکار را در رویارویی با ضعف پنهان به زیر بکشد و جایگاه فرودست و فرادست را عوض کند.
فیلم از همان ابتدا که خبر فرار احمد سرخ‌پوست با خبر ترفیع درجه سرگرد جاهد را به طور هم‌زمان با یکدیگر طرح می‌کند، آزادی آن دو را در تقابل با هم نشان می‌دهد. سرگرد برای نجات از شغلی که او را زندانی کرده است، باید آخرین مأموریتش را به‌درستی انجام دهد و زندانی فراری را پیدا کند و تحویل دهد و برای همیشه از آن‌جا برود و پشت سرش را هم نگاه نکند، اما در طول فیلم آرام آرام به درک تازه‌ای از مفهوم آزادی می‌رسد و می‌فهمد حتی اگر برای همیشه آن لباس نظامی را از تن دربیاورد و آن شغل دردناک را رها کند، اما مجبور است برای همه سرهای بی‌گناهی که بالای دار رفته است، نزد خویش پاسخ‌گو باشد. در همان صحنه نخست فیلم است که وقتی سید داوود  از ساختن چوبه دار خودداری می‌کند، به او می‌گوید: «اگه از صد نفر، یکی بی‌گناه بود، تو گردن می‌گیری؟» و سرگرد در جریان تدریجی اثبات بی‌گناهی احمد سرخ‌پوست، طناب دار او و همه کسانی را که بی‌گناه اعدام شده‌اند، دور گردن خود احساس می‌کند و با این‌که دست از تلاش برای یافتن او برنمی‌دارد، اما خواهان مرگ او نیست. مثل جایی که همه منافذ و ورودی‌های زندان را می‌بندد و همه جا را پر از دود می‌کنند و سرگرد جاهد با بلندگو به احمد سرخ‌پوست می‌گوید: «اگه کمک خواستی، داد بزن، با صدای بلند» و اتفاقاً همان سکوت بی‌گناه است که به گلوی سرگرد جاهد چنگ می‌زند و او را در حال خفه شدن نشان می‌دهد و از پا درمی‌آورد. در واقع او می‌فهمد که حتی اگر آن زندان بر سر زندانی فراری خراب شود و او برای همیشه در آن‌جا دفن شود و ماجرای فرار مسکوت بماند و او با کت و شلوار به شهربانی برود و زندگی تازه‌ای را آغاز کند، باز هم آزاد نخواهد شد و سایه شوم و هولناک آن چوبه دار خالی رهایش نمی‌کند و به کابوس مدام او بدل می‌شود.
به همین دلیل در پایان وقتی احمد سرخ‌پوست را می‌یابد و می‌تواند به چنگ بیاورد، او را آزاد می‌کند. وقتی فیلم سرگرد جاهد را از لابه‌لای تخته‌های سکوی چوبه دار در قاب می‌گیرد و واکشن‌های او را از زاویه دید شخصیت غایب و پنهان به تصویر می‌کشد، او را می‌بینیم که انگار به مغاکی می‌نگرد که سیاهی مقابلش نیز به او چشم دوخته است و زندانی و زندانبان به یک اندازه محبوس و دربند به نظر می‌رسند و از این رو آزادی احمد سرخ‌پوست مابه‌ازایی برای رهایی سرگرد جاهد به حساب می‌آید و زندانبان، زندانی را به جای خود آزاد می‌کند تا خودش بتواند از زندانی که در درونش گرفتارش کرده است، رها شود، حتی اگر ریاست شهربانی را از دست بدهد و ترفیع نگیرد و دوباره در قالب همان زندانبان مغموم به زندان جدید منتقل شود. اما حالا از پس این پروسه دشواری که از سر گذرانده است، می‌داند که چطور در دل جهنمی که اداره می‌کند، گناه‌کار به حساب نیاید و آن دیوارها و میله‌ها و سلول‌ها، او را به بند نکشند. بنابراین فیلم به چنین پایان کاتارسیس‌واری نیاز دارد که سرگرد جاهد را ببینیم که از سکوی چوبه دار دور می‌شود و دوربین فضای آزاد و باز طبیعت پیرامونش را در بر می‌گیرد و حسی از سبک‌باری و رهایی و پالایش را بعد از آن دوره حبس‌شدگی و خفقان‌بار القا می‌کند و به نظر می‌رسد فقط احمد سرخ‌پوست نیست که از سنگینی طناب دار دور گردنش خلاص شده است، بلکه سرگرد جاهد نیز می‌تواند نفس راحتی بکشد که تا ابد خون بی‌گناهی دامان او را نمی‌گیرد.
سرگرد جاهد وقتی بالاخره احمد سرخ‌پوست را پیدا می‌کند، درباره بی‌گناهی او اطمینان دارد و با آن تجربه ویرانگری که خود در قالب یک زندانی از سر گذرانده است، دیگر نمی‌تواند دوباره او را به زندان بازگرداند تا چند وقت بعد کارش به مرگی بکشد که مستحق آن نیست. اما این‌که کنش نهایی شخصیت در پایان فیلم هم‌چنان دور از انتظار و باورناپذیر به نظر می‌رسد، به این دلیل است که فیلم برای تشدید جنبه غافل‌گیرانه پایان‌بندی‌اش، ما را از شک و تردید درونی سرگرد جاهد دور نگه می‌دارد و تا لحظه آخر بر قاطعیت و پافشاری او در دستگیری زندانی تأکید می‌کند و نمی‌تواند میان جدال بیرونی و کلنجار درونی شخصیت تعادل برقرار کند و نشان دهد همان‌طور که سرگرد می‌کوشد با پیدا کردن زندانی فراری از رنج و عذاب ناشی از شغل خود خلاص شود، به همان اندازه تلاش می‌کند از بار گناه ناشی از وظیفه‌اش نیز آزاد شود. در واقع از آن‌جا که اساساً چالش‌های عینی و بیرونی توجه بیشتری را به خود جلب می‌کند تا درگیری‌های ذهنی و درونی، مخاطب بیش از آن‌که به احساسات و حالات نهانی سرگرد اهمیت بدهد، کنش‌ها و گفتارهای او را جدی می‌گیرد. بنابراین آن سیر استحاله و دگردیسی تدریجی او را که از دل هم‌ذات‌پنداری میان زندانبان و زندانی به شکلی جزئی‌نگرانه و ظریف رخ می‌دهد، درک نمی‌کند و عشق سرگرد به مددکار را که جلوه آشکارتری دارد، به عنوان تنها دلیل تحول او می‌بیند و به نظرش قانع‌کننده نمی‌رسد. درحالی‌که ما با شخصیتی روبه‌رو هستیم که در ظاهر اصرار دارد زندانی فراری را پیدا کند تا بتواند به موقعیت بهتری در زندگی‌اش برسد، اما در باطن خود را همچون همان زندانی گم‌شده، گرفتار در بندی می‌بیند که به هر چیزی چنگ می‌زند تا آزاد شود.
در این مسیر هرچند نشانه‌های مبنی بر بی‌گناهی احمد سرخ‌پوست به واسطه استدلال‌های مددکار، اعتراف‌های شاهدان و وضعیت غم‌انگیز همسر و فرزندش بر نگرش و قضاوت سرگرد جاهد تأثیر می‌گذارد، اما او بیش از هر چیزی به واسطه شیوه فرار عجیب اوست که دگرگون می‌شود. همسر احمد سرخ‌پوست در ملاقات با سرگرد جاهد از او نقل قول می‌کند که «حاضر است موقع فرار تیر بخورد، اما نمی‌گذارد بی‌گناه دارش بزنند» و انگار همه تلاش او برای فرار در جهت اعاده حیثیت و شرافت و درست‌کاری و غروری است که به ناحق زیر سؤال برده‌اند و او حاضر نیست تن به مرگ شرم‌آوری بدهد که فقط سزاوار مجرمان و گناه‌کاران است. پس همان چوبه داری را که با آن قرار است مجازاتش کنند، به وسیله‌ای برای فرار خود بدل می‌سازد و با پای خود به آغوش مرگ می‌رود و همچون جسد خاموشی در زیر سکوی چوبه دار پنهان می‌شود تا اگر قرار است بمیرد، سرش را بالا بگیرد و بگوید که به انتخاب خودش بوده است، نه این‌که او را به خاطر گناهی که مرتکب نشده، با خواری و خفت اعدام کنند. در واقع همین اصرار و سماجت احمد سرخ‌پوست در راستای اثبات بی‌گناهی‌اش که تا پای مرگ از آن دست نمی‌کشد، سرگرد جاهد را وامی‌دارد از انجام وظیفه‌اش چشم بپوشد و در برابر بزرگ‌منشی و حق‌طلبی زندانی‌اش احساس حقارت کند و او نیز برای احراز قدرت و ابهت ازدست‌داده‌اش، به انتخابی بزرگ و دشوار روی بیاورد. احمد سرخ‌پوست می‌کوشد تا در زمانه‌ای که ظلم و ستم و بی‌عدالتی بر همه جا حکومت می‌کند، آن مثل قدیمی را تحقق بخشد که «بی‌گناه تا پای چوبه دار می‌رود، اما سرش بالای دار نمی‌رود» تا امید به پیروزی عدالت و حق را در دل دیگران زنده نگه دارد و با چنین نگاهی است که فرار او فقط یک مسئله شخصی به حساب نمی‌آید و کنشی قهرمانانه و انقلابی تلقی می‌شود که در خود سیستم جور و جفای حاکم خلل ایجاد می‌کند و قانون را که به ابزار ظلم درآمده است، از اعتبار می‌اندازد و زندانبان را مجبور می‌کند در کنار زندانی‌اش قرار بگیرد. بنابراین تحولی که او به دنبال می‌آورد، در شخصیت سرگرد جاهد خلاصه نمی‌شود و از این بعد زندانیان بسیاری قدم در راه او می‌گذارند تا از زیر بار ظلم بیرون بیایند و برای احقاق حقشان مبارزه کنند و نام احمد سرخ‌پوست در وجود آدم‌های بی‌گناه بسیاری تکثیر خواهد شد و هیچ زندانی دیگر نمی‌تواند صدای حق‌خواهی را در خود سرکوب کند.