فیلم یهودا و مسیح سیاه در عین این‌که یک درام زندگی‌نامه‌ای و تاریخی درباره وقایع سیاسی و جنبش آزادی‌خواهی سیاه‌پوستان آمریکا در دهه 60 و 70 میلادی و شرح وقایع و فعالیت‌های حزب پلنگ سیاه در ایلینوی شیکاگو به رهبری فرد همپتون است، یک تریلر جنایی هم هست که بر اساس یک فیلمنامه پٌرجزئیات و با بهره‌گیری از کهن‌الگوی آشنای خیانت روایت خود را پیش می‌برد، خیانتی که گام به گام و مرحله به مرحله در دل داستان گسترش پیدا می‌کند؛ نمودهای مختلف و گوناگونی می‌یابد و در پیوند با تم جنایی فیلم در یک روند تدریجی فینال اثر را رقم می‌زند و این رابطه دوسویه خیانت منجر به جنایت و جنایت ناشی از خیانت سببیت روایی فیلم را قوام می‌بخشد و پیگیری وقایع فیلم را برای بیننده جذاب و هیجان‌انگیز می‌کند. وقایع فیلم در دل شهری ملتهب رخ می‌دهند که هر گوشه از آن قلمرو حکمرانی یک حزب و دسته سیاسی با گرایش‌های رادیکال و چپ افراطی یا گروه‌های تبه­کاری است. فرد همپتون به عنوان قهرمان داستان و رهبر شاخه حزب پلنگ‌ سیاه در ایلینوی قصد دارد با متحد کردن این گروه‌ها در قالب یک مجموعه واحد با عنوان ائتلاف رنگین‌کمان زمینه وقوع یک انقلاب ضدسرمایه‌داری و ضدنژادپرستی را فراهم کند که هدف آن بازگرداندن هویت و حقوق پایمال‌شده طیف‌های مختلف اجتماعی کم‌برخوردار، از جمله سیاه‌پوستان و مهاجران رنگین‌پوست است. از طرفی، ضمن برجسته کردن موقعیت مکانی وقوع ماجراها (شهر ایلینوی) رویدادهای اصلی و مؤثر در پیشبرد روایت را معرفی می‌کند و از این‌جا به بعد در یک روند تدریجی و گام به گام جزئیات وقایعی که بر اساس خیانت ویلیام اونیل، یک سارق ماشین خرده­پا که به چنگ مأموران فدرال (اف‌بی‌‌آی) گرفتار می‌‌شود، شکل می‌‌گیرد.

سکانس افتتاحیه که نقش بسیار مهمی در آشنایی بیننده با شخصیت‌های اصلی و بستر وقوع رویدادها و شرایط حاکم بر جغرافیای داستانی فیلم دارد، با نمایش تصاویر آرشیوی از مستندی با عنوان چشم به جایزه 2 که در سال 1989 ساخته شده و اولین و آخرین مصاحبه اونیل درباره وقایع ایلینوی و مشارکت مستقیم و فعال او در کشته شدن فرد همپتون است، آغاز می‌شود. بعد از این‌که مصاحبه‌کننده از او سؤال می‌کند وقتی به کارهایی که اواخر دهه 60 و اوایل دهه انجام دادی فکر می‌کنی درباره کارهایی که کردی، به پسرت چه می‌گویی؟ به جای شنیدن پاسخ او مستقیماً وارد جهان داستان فیلم می‌شویم و رخدادها را از نقطه دید اونیل که در جهان فیلمنامه «می‌تواند» معتبرترین راوی باشد نظاره می‌کنیم. انتخاب این شیوه روایی و بیان وقایع از نقطه دید اونیل، هم جنبه‌های تاریخی فیلم را تثبیت و تقویت می‌کند و هم انگیزه‌‌های هرچند اجباری اونیل در همکاری با مأموران فدرال و تبعات این همکاری را برای بیننده روشن می‌سازد. در این سکانس چند دقیقه‌ای ابتدا اطلاعات موجز اما مفیدی درباره اقدامات اجتماعی و انسان‌دوستانه حزب پلنگ سیاه ارائه می‌شود و فعالیت‌های مسلحانه و درگیری‌های خشن اعضای آن با پلیس نیز پیش چشم بیننده قرار می‌گیرد. در ادامه، سخنرانی یکی از اعضا را می‌بینیم که صراحتاً به موضوع مسلح بودن این حزب و تبلیغ برای آزادی استفاده از سلاح اشاره می‌کند. سپس تصاویری از جوان‌ها و افراد مختلفی را مشاهده می‌کنیم که با کلاه‌های سیاه رنگی که به سر دارند، بارها و بارها شعار «انقلاب تنها راه‌حل است» سر می‌دهند.

تضاد کلیدی داستان فیلم جایی شکل می‌گیرد که بلافاصله بعد از اظهارات یکی از اعضای پلنگ‌ سیاه درباره  خدمت‌رسانی به مردم در زمینه کلینیک رایگان پزشکی، برنامه صبحانه رایگان برای کودکان، ‌مؤسسات ترک اعتیاد مردمی، کمک‌های قانونی رایگان و آموزش رایگان سیاه‌پوستان متوجه می‌شویم این‌ها تصاویری هستند که جی ادگار هوور، مدیر اف‌‌‌بی‌‌آی در یک جلسه توجیهی با استناد به آن‌ها قصد دارد ضرورت مبارزه با این حزب و جلوگیری از فعالیت‌های مخرب آن‌ را به مأموران فدرال گوشزد کند و با سخنانی که کاملاً برخلاف گفته‌های آن عضو حزب است خطر پلنگ‌های سیاه برای امنیت ملی کشور را بیشتر از خطر چینی‌ها و حتی روس‌ها ذکر می‌کند. سخنان او نشان‌گر نگرانی عمیق هیئت حاکمه ایالات متحده از تأثیر و نفوذ فعالیت‌های حزب همپتون در جامعه و لزوم مبارزه بی‌امان برای نابودی آن‌هاست. بر اساس گفته‌های هوور کسی که قابلیت و توانایی متحد کردن کمونیست‌ها، جنبش‌های ضدجنگ و چپ جدید را دارد، تهدید بسیار خطرناکی برای کشور محسوب می‌شود و به همین جهت است که به جمع حاضر دستور می‌دهد به هر قیمتی از بروز این اتفاق و ظهور یک مسیح (منجی) سیاه جلوگیری به عمل آورند. عزم هوور برای قلع‌و‌قمع این حزب سیاسی به حدی است که به همین هشدارها بسنده نمی‌کند و در ادامه فیلم با شخصی کردن موضوع برای مأمور میچل در مکالمه‌ای نزدیک هول و هراس به جانش می‌اندازد و با ترسیم تصویر رابطه احتمالی دختر حالا خردسالش با یک پسر سیاه‌پوست در آینده با زیرکی و در قالب جملاتی ظاهراً مشفقانه و دوستانه تلاش می‌کند انگیزه مضاعفی در او ایجاد کند تا تمام توان خود را برای انجام مأموریتی که به عهده‌اش گذاشته شده است، به کار گیرد.

از طرفی، پس از رد درخواست فرجام‌خواهی فرد همپتون در دیوان عالی و درنتیجه زندانی شدن مجدد او در آینده نزدیک که به نظر می‌رسد لااقل در طول مدت حبس او منجر به ختم این غائله یا کاسته شدن از حساسیت فعلی آن و آرام‌تر شدن فضای ملتهب خواهد شد، هوور باز هم راضی نمی‌شود و در مکالمه‌ تلفنی با میچل و همکار او با اشاره به این‌که زندان از همپتون یک قهرمان خواهد ساخت و یک راه‌حل موقتی است (همان‌طور که قبلاً هیویی نیوتون* را مشهور کرد و از الدریج کلیور* یک نویسنده ساخت)، به ‌طور ضمنی به حذف فیزیکی او اشاره می‌کند.

حادثه محرک فیلمنامه در اوایل سکانس بعدی در شیکاگو و در 1968 شکل می‌گیرد؛ جایی که بیل اونیل بعد از سرقت ناموفق ماشین، به دست پلیس فدرال دستگیر می‌شود و مأمور میچل از این موقعیت بادآورده بهره می‌‌گیرد و با تهدید اونیل به حبس و زندان درازمدت او را وادار می‌کند با نزدیک شدن به فرد همپتون از او جاسوسی کند و خبرهای مربوط به فعالیت‌های وی و حزبش را در اختیار مأموران اف­­بی‌‌آی قرار دهد. اونیل شخصیتی فاقد انگیزه و دیدگاه سیاسی است و منفعت‌طلبی شخصی و مخمصه‌ای که در آن گرفتار آمده و راه گریزی از آن ندارد او را به طعمه مناسبی برای رسیدن به همپتون بدل می‌سازد و همین ضعف شخصیتی است که باعث می‌شود با دسیسه‌چینی‌های پلیس فدرال همراه شود. وقتی او راهی به جز همکاری پیش پای خود نمی‌بیند، پیشنهاد مأمور میچل را از سر اجبار و استیصال قبول می‌کند و با نفوذ در حلقه نزدیکان فرد همپتون و خیانت به وی شرایط ترور و کشته شدن او و چندین نفر از اعضای حزب پلنگ سیاه را فراهم می‌کند. اونیل به عنوان یک سیاه‌پوست اعتقاد و علاقه‌ چندانی به مبارزات افرادی مثل مارتین لوتر کینگ و مالکوم ایکس که در راه نبرد برای آزادی سیاه‌پوستان کشته شده‌اند، ندارد و در پاسخ به سؤال مأمور میچل که از او می‌پرسد وقتی این دو نفر کشته شدند، ناراحت شدی، با بی‌اعتنایی می‌گوید نمی‌دانم، یا تابه‌حال به آن فکر نکرده‌ام. اما در نقطه مقابل این شخصیت متزلزل و پادرهوا فرد همپتون قرار دارد که با مبارزات سیاسی و دل­مشغولی‌های اجتماعی خود، به خاری در گلوی سیستم امنیتی و پلیس آمریکا بدل شده است.

وانایی سازمان‌دهی گروه‌های مختلف با گرایش‌های متفاوت، تأثیرگذاری کلام و شیوه سخن‌سرایی پرشور و حرارت، اعتقاد عمیق به مبارزات سیاسی، دیدگاه‌های رادیکال و اعتقاد به ایجاد انقلاب و سرنگونی سرمایه‌داری در جهت برپایی عدل و عدالت برای سیاهان و رنگین‌پوستان و اقلیت‌های نژادی/ اجتماعی، شخصیتی کاملاً متضاد با یهودایی که به او خیانت خواهد کرد، ارائه می‌کند. این تناقض با پیشرفت داستان و آشنایی بیشتر تماشا‌گر با انگیزه‌های متفاوت این دو برجسته‌تر می‌شود و به عنصر مهمی در شخصیت‌پردازی و تبیین اَعمال و رفتار کاراکترهای فیلم بدل می‌شود. موتیف خیانت و وضعیت بسیار بغرنج و ناخوشایندی که اونیل از ابتدا گرفتار آن می‌شود، در طول فیلم جنبه‌های مختلفی پیدا می‌کند و در هر یک از ملاقات‌های اونیل با میچل که درخواست تازه‌ای را مطرح می‌کند، عمیق و عمیق‌تر می‌شود و بر استیصال و سردرگمی‌اش می‌افزاید و او را تا جایی پیش می‌برد که دیگر هیچ چاره‌ای به جز اجرای دستور نهایی ندارد. مسیر خیانت اونیل تا رسیدن به ایستگاه آخر پٌر از توهین و تحقیر است و اگرچه با مبالغ ناچیزی که از میچل می‌گیرد، سر و وضع نسبتاً مقبولی برای خود دست­وپا می‌کند و در رستوران‌های شیکی که مشتریانش سفیدپوستان هستند، با تبختر پوشالی به گارسون‌های سیاه‌پوست دستور می‌دهد، اما میچل هیچ اهمیتی برای او قائل نیست و او را صرفاً یک خبرچین دون‌پایه و آلت دست خودش می‌داند و مزد خیانت او را با اسکناس‌های مچاله‌شده می‌دهد.

 اما جنبه دیگری از داستان که به شکلی ظریف و هوشمندانه در تاروپود فیلم تنیده شده، دوگانه‌ای است که کاراکتر اونیل بعد از همراهی با همپتون و آشنایی نزدیک با فعالیت‌های او و حزبش دچار آن می‌شود و کیث استنفیلد با نقش‌آفرینی استادانه خود آن را به نمایش می‌گذارد. مأموریت اصلی او نفوذ روزافزون در حزب و اجرای موبه­موی دستورات میچل است که این وظیفه را به­خوبی به انجام می‌رساند و در بزنگاه‌های مختلف به گونه‌ای عمل می‌کند که نه­تنها باعث ایجاد هیچ شک و شبهه‌ای نمی‌شود، بلکه با اعمالی که انجام می‌دهد، خود را به عنوان یکی از اعضای وفادار جا می‌زند، ولی در عین حال پس از مدتی همراهی با همپتون به نظر می‌رسد احتمالاً کششی واقعی نسبت به او پیدا کرده و در اعماق پنهان و ناشناخته وجود خود او را مٌحق می‌داند. پیشنهاد او برای منفجر کردن ساختمان شهرداری و گفت‌و‌گوی تند و تیزی که بین او و همپتون درمی‌گیرد و با عصبانیت اظهار می‌کند: «من آماده‌ام برای مردم بمیرم رئیس، تو چطور؟» و مهم‌تر از آن، حالتِ به­شدت پریشان و نزاری که قبل از مسموم کردن همپتون به خود می‌گیرد و حتی گریه می‌کند، نشانه‌های آشکاری از این تغییر عقیده احتمالی هستند که واقعیت آن هرگز روشن نمی‌شود. در پایان فیلم وقتی اونیل در مستند چشم به جایزه 2 به همین نکته اشاره می‌کند و در توجیه اعمال خود می‌گوید: «فکر کنم می‌ذارم تاریخ به جای من حرف بزنه.» یک ‌بار دیگر به این دوگانه دامن می‌زند و تشخیص صحت و سقم آن را دشوار می‌کند و واقعیت آن را در هاله‌ای از ابهام باقی می‌گذارد. نوشته‌های پایانی فیلم که به خودکشی اونیل بعد از پخش این مستند از شبکه پی.‌بی.‌اس اشاره می‌کند، شاید بتوانند سرنخ کوچکی از قضاوت تاریخ برای ما فراهم کنند.