پسر و مرغ ماهی‌خوار نام رمانی نوشته گنزابورو یوشینو در سال 1937 است، اما فیلم داستانی اصلی دارد که به رمان مرتبط نیست. داستان انیمه مانند اکثر آثار میازاکی سرشار از حقه‌ها و مؤلفه‌هایی است که به نام میازاکی می‌شناسیم. در سال 1943 در طول جنگ، در اقیانوس آرام، هیساکو، مادر ماهیتو ماکی 12 ساله، در یک حمله هوایی به توکیو کشته شد. پدر ماهیتو که صاحب یک کارخانه مهمات هوایی است، دوباره با خواهر کوچک‌تر همسرش، ناتسکو، ازدواج می‌کند و آن‌ها به ملک او در حومه شهر می‌روند که در آن‌جا با چندین خدمت‌کار قدیمی زندگی می‌کنند. ماهیتو در شهر جدید با غم و اندوه مرگ مادرش دست‌وپنجه نرم می‌کند، در مدرسه نمی‌تواند با کسی رابطه‌ای برقرار کند و رابطه پرتنشی را با ناتسکو که اکنون باردار است، تحمل می‌کند. ماهیتو هم‌چنین با یک ماهی‌خوار خاکستری مرموز روبه‌رو می‌شود که اغلب او را آزار می‌دهد و این آشنایی، آغاز داستان این انیمه است. شخصیت اصلی فیلم، ماهیتو ماکی، از دوران کودکیِ نویسنده و کارگردان الگوبرداری شده است. پدر میازاکی، مشابه پدر ماهیتو، در شرکتی مشغول به کار بود که در زمینه ساخت قطعات هواپیماهای جنگنده فعالیت می‌کرد. علاوه بر این، خانواده میازاکی مجبور شدند در طول جنگ از شهر به روستاها نقل مکان کنند. این فیلم به نوعی داستانی برای دوران بلوغ میازاکی است که در آن یک کودک باید بر خودخواهی‌اش غلبه کند و یاد بگیرد برای دیگران زندگی کند. به همین علت، داستان حاوی پیام ایجاد جهانی بدون درگیری با دستان خودت است. جهانی که میازاکی آموخت چگونه خالق داستان‌هایی باشد که درگیری در آن نقشی ندارد و همه چیز بر پایه صلح است. فیلم با الهام از داستان‌های برج ارواح ادوگاوا رانپو و کتاب چیزهای گم‌شده جان کانولی، حس نوستالژی و غریبی را زنده می‌کند. البته انیمه از حیث ظاهری و شخصیت اصلی، شباهت زیادی با آلیس در سرزمین عجایب دارد، اما با داستانی متفاوت که درون‌مایه‌ چندین اثر را شامل می‌شود.

به‌ طور کلی انیمه‌ پسر و مرغ ماهی‌خوار، فانتزی زیبایی است، اما در هر بخشی از آن، به گونه‌ای تصادفی زشتی هم به تصویر کشیده شده است. روندی که ماهیتو طی می‌کند و در مسیر به این باور می‌رسد که زشتی باید در قالب صلح درآید، باعث می‌شود برخی قوانین طبیعی و روش مواجهه با آنان برای او روشن شود. از این نظر، فیلم یک توازن درست بین زیبایی و زشتی در تمام امور را تدارک دیده است که نمونه عینی آن شخصیت مرغ ماهی‌خوار است که دو وجه زیبایی و زشتی را به‌سادگی نشان می‌دهد. همه‌ شخصیت‌های این انیمه ازجمله شخصیت اصلی داستان، ماهیتو، درحالی‌که قلبی زیبا و ظاهری نیک دارند، قسمت‌های تیره و تار و برخی جنبه‌های زشت و زننده هم در وجودشان پیدا می‌شود؛ درست مثل آن‌چه در دنیای واقعی می‌بینیم. میازاکی با به تصویر کشیدن این ابعاد حقیقی انسان، تا حدودی داستان را به واقعیت جهان نزدیک کرده است. ماهیتو پسر جوانی است که هم دلی صاف و مهربان دارد، هم جسارت و پویایی. او مانند قهرمان‌ داستان‌های دیگر است، اما با این تفاوت که زیرکی و دروغ‌گویی را هم می‌توان در او مشاهده کرد. ماهیتو به دیگران آسیب می‌زند، به مدرسه نمی‌رود، پنهان‌کاری دارد و درعین‌حال مانند شخصی بافضیلت رفتار می‌کند. اگر کسی متوجه دروغ‌گویی‌اش شود، با دلایلی از آن طفره می‌رود و اگر مورد ناخوشایندی را به او گوشزد کنند، از آن می‌گریزد.

مانند همیشه در آثار میازاکی رسوم سنتی ژاپنی نمایش داده می‌شود. در سنت ژاپنی رسم بر این است که در صورت فوت همسر، برای حفظ ملک و دارایی خانه، طرف دیگر با یکی از اقوام نزدیک او ازدواج می‌کند. ناتسوکو، خاله‌ ماهیتو، به ‌عنوان جانشین خواهرش مجبور می‌شود با پدر ماهیتو ازدواج کند. او هم‌چنین باید زحمات پسر خواهر را هم متقبل شود. با این‌که ناتسوکو نگران ماهیتوست و با او هم‌دلی دارد، اما روی گشاده‌ای از او نمی‌بیند. هنوز یک سال از مرگ مادر ماهیتو نگذشته که خاله باردار است. او بی‌مقدمه و بدون هیچ عذاب وجدانی در قلب و کلماتش، این خبر را در اولین دیدار با ماهیتو، اعلام می‌کند. از طرف دیگر، پدر عدالت‌طلب ماهیتو از سمتی هم به پسر و هم به همسر جدیدش ناتسوکو عشق می‌ورزد و اهمیت می‌دهد و از طرف دیگر، با نادانی‌های خود به افراد لطمه می‌زند. با پسرش که مادر خود را از دست داده، هم‌دلی ندارد و در برابر اوضاع تحصیلی او هم بی‌تفاوت است، هرچند هر کاری که می‌کند، در ذهن خود پسرش در درجه‌ اول اهمیت قرار دارد. گفته می‌شود میازاکی پدر خود را در این شخصیت به تصویر کشیده است. اما جدا از شخصیت‌های واقعی، مانند اکثر آثار میازاکی، یک عنصر تخیلی و سحرانگیز در این انیمه نیز وجود دارد. مرغ ماهی‌خوار، پرنده‌ای است که با ماهیتو سفری ماجراجویانه دارد، اما با پلیدی او را به برج فرامی‌خواند. او دروغ می‌گوید، در کسری از زمان خیانت می‌کند، فریب می‌دهد و به‌هیچ‌وجه قابل اعتماد نیست. اما زمانی که مهربانی ماهیتو را نسبت به خودش حس می‌کند، تصمیم می‌گیرد به او کمک کند. اما نباید فراموش کرد که مواردی هم که زشت و پلید به نظر می‌رسند، در حقیقت لازمه‌ بقای زندگی و وضعیت‌های مختلف بشری هستند. این مهم‌ترین نکته انیمه پسر و مرغ ماهی‌خوار است. حتی پدر ماهیتو که رئیس کارخانه‌ اسلحه‌سازی است، بیش از این‌که به آینده‌ کشورش فکر کند، به منافع مالی خودش اهمیت می‌دهد. اما اگر از جنبه‌ی دیگری به این قضیه نگاه کنیم، می‌بینیم که شاید چون او به‌ عنوان پدر وظیفه‌ حمایت از خانواده را بر عهده دارد، برای ابقای مدیریت کارخانه باید متعهد به این کار باشد. به همین علت است که ماهیتو می‌تواند یک زندگی مرفه و غنی داشته باشد و مجبور نباشد خدمات اجباری انجام دهد. اما از نظر ماهیتو ازدواج پدر تا حد زیادی ناعادلانه است، زیرا با این‌که این یکی از رسوم آن دوره بوده، اما این‌که شخصی بلافاصله پس از مرگ همسرش با خواهر او ازدواج کند، باز هم حس ناخوشایندی را القا می‌کند. اما پدر ماهیتو عمارتی را که در آن با همسر فوت‌شده‌اش زندگی می‌کرد، حفظ کرده و خدمت‌کاران قبلی را همان جا نگه می‌دارد. اما اصالت داستان با برج غریب و جادویی و ورود ماهیتو به جهان برج آغاز می‌شود؛ جایی که عموی بزرگ (عموی مادر ماهیتو) تمام قدرت را در آن‌جا به دست دارد. قدرت مرگ و زندگی و پلیکان‌ها را به دنیایی موازی می‌برد و آن‌ها نمی‌توانند از آن دنیا خارج شوند. پلیکان‌ها در دریایی که ماهی‌های آن بسیار کم‌اند، گرسنگی می‌کشند و چون چیز دیگری برای خوردن نیست، به‌ناچار برای بقای خود واراواراها (ذره‌های زندگی قبل از متولد شدن در این جهان) را می‌خورند. این امر و این ناچاری از روی نبود غذا باعث ایجاد یک خشونت می‌شود که گویا لازمه زندگی است. در همان حال است که کریکو و ماهیتو ماهی عظیم را به دام انداخته، سپس تکه‌تکه می‌کنند و تمام امعاء و احشاء آن را با حجمی اغراق‌آمیز و غرق در خون بیرون می‌ریزند. در این‌جا سایه‌ سیاه، همان واراواراهایی هستند که قادر به کشتار نیستند و مانند نوزادان عمر قبل از تولد خود را سپری می‌کنند. جز کریکو هیچ کسی نیست که برای آن‌ها غذا فراهم کند و به همین دلیل او جان خود را به خطر می‌اندازد و وظیفه‌ کشتار ماهی عظیم را بر عهده می‌گیرد. اما زندگی عموی بزرگ معمای بزرگ انیمه است. او از زندگی در برج کنار صرف نظر کرده، توده‌ای از سنگ‌ها را بالا برده و جهانی بی‌ثبات بر پایه‌ توازن را برپا کرده است. زیبایی جهان او در این است که در اطرافش هیچ کسی وجود ندارد، هرچند در پایین‌دست فضایی اشباع‌شده از مرغ عشق و دریا دنیای مرگ است. او با بنای ایده‌آل خود باعث قربانی شدن بسیاری از موجودات می‌شود و با طلب کردن چیزهایی که حتی دل‌خواهش هم نیستند، باعث بر هم خوردن تعادل زیستی آن منطقه است. این‌طور به نظر می‌رسد که عموی بزرگ برای فرار از دنیای فعلی که برای او جهانی نفرت‌انگیز است، می‌خواهد دنیایی جدید بسازد و حال می‌خواهد این وظیفه را به ماهیتو محول کند. اما ماهیتو نه از دست دادن مادرش را می‌پذیرد، نه مادر جدیدش را. ماهیتو می‌خواهد پدرش متوجه شود که او باعث آسیب دیدنش شده، اما پدر متوجه این موضوع نمی‌شود. ماهیتو پر از حس پذیرفته نشدن، عصبانیت و خشم است، که به ‌شکل بداندیشی بروز می‌کنند. این‌ها باعث آزار و درگیری‌ روحی او می‌شوند و باعث می‌شوند او در برابر احوالات ناخوش ناتسوکو (بر اثر بارداری) اصلاً احساس نگرانی نداشته باشد. یک روز ماهیتو کتابی با عنوان «تو چگونه زندگی می‌کنی؟» (عنوان اصلی این انیمه، که بعداً به عنوان فعلی تغییر کرد) را باز می‌کند. کتاب را مادرش برای او به یادگار گذاشته است. او شخصیت اصلی داستان را با خود مقایسه می‌کند و دریچه‌ای به رویش باز می‌شود تا به اشتباهات خود پی ببرد. پس از این است که تغییراتی جزئی در او و درونیاتش رخ می‌دهد. اما تغییر حقیقی را در دقایق پایانی انیمه می‌توان دید. هر کسی در مواجهه با مشقت‌ها و حوادث ناگوار میل به فرار دارد. متأسفانه وقتی ظرفیت ذهن آدمی از دشواری‌ها لبریز شود، به‌جز خودش به چیز دیگری نمی‌تواند بیندیشد. در این شرایط فرد خود را به‌ مثابه قربانی و اطرافیان را پست و رذل می‌بیند و حقیقت را درنمی‌یابد.

انیمه پسر و مرغ ماهی‌خوار تلنگرهای خوبی دارد؛ ازجمله این‌که:

•  این دنیا با وجود تمام دشواری‌ها و اتفاقات ناگوارش، ارزشمند و بی‌بدیل است و ارزش زیستن دارد.

•  موقعیت‌هایی وجود دارد که آدمی مجبور است برای حفظ بقا به روشی پیش برود که رضایت‌مندانه نیست.

•  در موقعیت‌هایی افراد برای حفظ زندگی اطرافیان خود دست به کارهایی می‌زنند که تمایلی به آن ندارند.

•  کسانی هستند که برای بقای خانواده شغلی را می‌پذیرند که انگیزه‌ای برای آن ندارند و با مشقت تحملش می‌کنند.

•  افراد را نباید فقط با بررسی یک وجه از رفتارشان قضاوت کرد.

•  بنا کردن جهان ایده‌آل غیرممکن است و سرانجامِ همه‌ افراد خودکامه و مستبد، سرنگونی است.

•  آگاهی نسبت به اشتباهات و تعمق در افکار و رفتار بسیار دشوار است.

•  افراد می‌توانند در مواجهه با حقیقت وجودی خود و جهان اطراف به ‌جای فرار و طفره رفتن، دیدگاه خود را تغییر دهند و راه‌حلی برای رهایی از نگرانی‌ها و رنج‌ها بیابند.

پسر و مرغ ماهی‌خوار با کاوش تکان‌دهنده‌اش در ذهن و روان انسان، مخاطبان را به تأمل در پیچیدگی‌های زندگی و قدرت پایدار تحول شخصی دعوت می‌کند. میازاکی از مرزهای متعارف فراتر می‌رود و بینش عمیقی در مورد ماهیت هستی و جست‌وجوی معنا ارائه می‌دهد و به ما یادآوری می‌کند که در هر بلایی، فرصتی برای زندگی نهفته است. هنر و خلق جهان‌هایی بر پایه صلح برای فرار از واقعیت جهان، تنها یک گریز لحظه‌ای است. هم‌چنان داستان‌گویی و سینما از نظر میازاکی تنها راه تعالی انسان برای گذر از خشونت و واقعیت مدرنیته است. تلخی فیلم پسر و مرغ ماهی‌خوار درباره اتفاقات گوشزدکننده توازنی است که طبیعت تدارک می‌بیند و این توازن در ارباب برج خود را نشان می‌دهد که باید با تمام پلیدی‌ها توازن زندگی را در برج حفظ کند و این درسی است که ماهیتو در طول سفر به برج می‌گیرد.